中药学是一门以中医理论为指导，研究中药的基本理论，来源、采集、炮制、鉴定、功效、生产和临床应用的综合性学科。中药学与药学相辅相成，构成了我校的优势学科群。
学科拥有中药学一级学科博士学位授予权和硕士授予权，建有中药学一级学科博士后流动站。自主培养产生了中国工程院院士。中药学先后被列为省“重中之重”学科、省“十二五”高校重中之重一级学科和省“十三五”一流学科（A类）、省重点建设高校优势特色学科。
该学科群以“浙八味”道地药材为主要研究对象，从中药制剂学（药剂学）、中药分析学（药物分析）、中药药理学（药理学）、中药化学（天然药化、药物化学）、中药资源学（生药学、微生物与生化药学）、中药生物技术、中药炮制学、临床中药学等二级学科着手，聚焦以下5个方向开展研究。
中药资源与品质提升：以“浙八味”道地药材和浙产珍稀特色中药材的资源收集、驯化和栽培等研究为重点，开展中药材规范化种植基地建设；以内生真菌对宿主及药材品质的影响及其资源开发和应用为研究点，探寻内生真菌的生物多样性、菌群结构与药材品质的关系及其可能的分子机制。
中药生物技术与炮制工程：围绕中药材活性成分代谢合成、种质创新及生物技术应用等领域，开展中药活性成分生物合成途径解析、代谢机制及调控利用等基础研究与应用开发；采用药物化、代谢组学、PK-PD等研究中药炮制前后物质变化以及谱效关系，阐明中药炮制、配伍的机理；开展中药材及饮片的质量标准和快速检测体系研究，实现中药饮片生产的自动化、规范化及炮制过程的智能化控制。
中药药效物质基础与作用机制：应用多元生物信息技术，研究中药在多元生物信息中的关键环节和整体网络稳态调节作用模式，发现中药在生物体内作用的药效靶点，揭示中药的有效性及“方证关系”内涵；围绕中药药效物质基础，开展中药化学成分的体内外分离纯化、结构鉴定、作用机制、结构改造与修饰等领域的研究，开展中药药效物质基础、作用机理与构效关系研究。
中药制剂关键技术与质量控制：主要涵盖中药药剂、药剂学、中药分析与药物分析等二级学科。开展中药制剂的传承、前处理、成药性评价、过程控制与质量标准、缓控释制剂技术、纳米靶向给药关键技术、联合用药配伍、制剂关键技术以及生物信息学分析研究。
中药新产品开发：以开发新产品为导向，以高血压、糖尿病、高尿酸血症、肥胖等代谢性疾病的治疗药物或保健产品和浙产特色药材深入研发为重点，系统开展证候动物模型、药效比较、作用机制、药效物质等研究，研发代谢性疾病的治疗中药新药或保健产品。